Chùa Tuyên Linh được xây năm Tân Dậu (1861), dưới triều Tự Đức năm thứ 14. Lúc đầu, chùa có tên là Tiên Linh do Hòa thượng Khánh Phong trụ trì và được làm bằng tre, lá để thờ bà Sầm.

Năm 1907, nhà sư Lê Khánh Hòa, pháp danh là Thích Như Trí, quê ở xã Phú Lễ, huyện Ba Tri về trụ trì tại chùa này. Là một cao tăng rất tinh thông Phật học, Hòa thượng Lê Khánh Hòa đã thuyết giảng giáo lý nhà Phật, đào tạo môn sinh. Nhờ hiểu rộng, đi nhiều nơi, có vốn nho học lại biết cả chữ quốc ngữ nên ông được các tín đồ, cư sĩ Phật giáo tín nhiệm và có hơn 90% người dân địa phương theo đạo. Hòa thượng Lê Khánh Hòa còn là người sáng lập ra Nam kỳ Phật học hội và Lưỡng Xuyên Phật học hội quy tụ nhiều cao tăng, cư sĩ Phật giáo ở Nam kỳ lúc bấy giờ. Đồng thời nhà sư còn là chủ bút tạp chí Từ bi âm, Giám đốc Phật học tùng thư.

Chùa Tuyên Linh là nơi mà cụ Phó bảng Nguyễn Sinh Sắc, thân sinh Bác Hồ, nhiều lần ghé lại tá túc. Thời gian cụ Phó bảng ở đây lâu nhất là từ năm 1927 đến 1929. Trong thời gian lưu trú tại chùa, cụ Phó bảng đã mở lớp dạy học, xem mạch bốc thuốc cho nhân dân trong vùng và cùng Hòa thượng Lê Khánh Hòa bàn việc dân, việc nước. Ở đây, cụ Nguyễn Sinh Sắc cũng gặp gỡ các ông: Trần Văn An, Huỳnh Khắc Mẫn, Lê Văn Phát, và trong số họ sau này có người trở thành lớp đảng viên đầu tiên của Đảng bộ Bến Tre. Năm 1929, cụ Phó bảng lâm bệnh và bị bọn mật thám Pháp theo dõi nên Hòa thượng Lê Khánh Hòa đã tìm cách đưa cụ về Đồng Tháp. Theo lời kể của những người lớn tuổi ở xã Minh Đức thì tên gọi Tiên Linh tự được nhà sư Lê Khánh Hòa đổi lại Tuyên Linh tự năm 1930 theo sự góp ý của cụ Phó bảng. Cụ giải thích rằng: Tuyên là tuyên truyền. Về phần mình, Hòa thượng Lê Khánh Hòa ngoài tụng kinh niệm phật ông luôn động viên các tín đồ Phật giáo tham gia hoạt động cách mạng và kháng chiến. Do tuổi già, bệnh nặng, Hòa thượng Lê Khánh Hòa  mất ngày 19/6/1947. Trước lúc viên tịch, sư cụ tắm rửa sạch sẽ, thay đạo phục rồi quay mặt về hướng bắc nói những lời cầu mong nước nhà độc lập, chúc sức khỏe Hồ Chủ tịch, sau đó niệm phật rồi tắt thở.

Trong 2 cuộc kháng chiến, chùa Tuyên Linh là nơi che giấu, nuôi dưỡng cán bộ cách mạng nên đã hai lần bị giặc dùng máy bay ném bom, phá hủy và đốt chùa. Chùa được trùng tu nhiều lần và được xây mới vào năm 1999 trên nền cũ rất khang trang. Tuy nhiên, những hiện vật gắn với quá khứ của chùa không còn nhiều. Đồng chí Việt Hùng, Chủ tịch Mặt trận Tổ quốc Việt Nam xã Minh Đức, thành viên ban bảo vệ di tích chùa Tuyên Linh cho biết: “Chúng tôi đang có kế hoạch xin xây nhà bảo tàng ở tại chùa. Trước tiên sẽ tìm vận động, sưu tầm những hiện vật gắn với chùa trước đây và tôn tạo lại những bút tích của sư cụ Lê Khánh Hòa và cụ Nguyễn Sinh Sắc để trưng bày ở bảo tàng. Bên cạnh đó, sẽ xây dựng hệ thống giao thông để tạo sự đi lại dễ dàng cho người dân đến tham quan chùa”.